Der normale Weg damit umzugehen ist, dass du die Aufrufe der Brick- und Bricklet-Funktionen in try-catch-Blöcke machst. Damit kannst du dann auf TimeoutException oder andere Fehler reagieren.
In PHP wird leider die Verbindung nicht automatisch wiederhergestellt, wenn sie verloren ging, das musst du also händisch machen. Du kannst dich auf das disconnected-Callback der IPConnection registrieren und dann periodisch connect aufrufen, bis es funktioniert. Die Callback-Doku findest du hier: https://www.tinkerforge.com/de/doc/Software/IPConnection_PHP.html#callbacks
Wenn du eine Verbindung