zuerst schaust du unter /etc/inittab nach was bei id:xx:initdefault für einen Nummer steht - entweder eine 2 eine 3 oder eine 5. Das ist der Standard runlevel den der Rechner beim booten ausführt.
Dann gehst Du in das Verzeichnis /etc/rcX.d (X mit der Nummer aus dem Runlevel ersetzten)
In dem Verzeichniss wirst Du eine Handvoll Dateien finden die mit S... anfangen, eine davon kopierst Du dir und benenst die dabei um - mein Vorschlag wäre S99vncserver (Das S steht für Start, die 99 ist die Ausführungsreihenfolge, mit 99 wäre das einer der letzten Dienste die Staren was in Deinem Sinne ist). Nun ÄNderst Du die Datei so ab das unter
case "$1" in
start)
Der Startcode für den vnc kommt. Du solltest dabei absolute Pfadangaben verwenden, damit sichergestellt ist das das Programm gefunden wird. Btw: der Server läuft dann unter root.